Jawatankuasa Hidrografi Negara (JHN) telah ditubuhkan pada tahun 1987 bagi mengkoordinasikan hal ehwal hidrografi dan aktiviti-aktiviti yang berkaitan. Secara amnya, jawatankuasa ini dianggotai oleh agensi-agensi kerajaan dan institut pengajian tinggi tempatan yang terlibat secara langsung dengan aktiviti yang melibatkan bidang hidrografi. Keanggotaan JHN ini melibatkan agensi dan institusi pengajian seperti berikut:
- Pusat Hidrografi Nasional.
- Bahagian Teknologi Strategik dan Aplikasi S&T, Kementerian Sains, Teknologi dan Inovasi (MOSTI).
- Pusat Geospatial Negara (PGN).
- Agensi Penguatkuasaan Maritim Malaysia (APMM).
- Jabatan Mineral dan Geosains Malaysia (JMG).
- Agensi Angkasa Malaysia (MySA).
- Jabatan Ukur dan Pemetaan Malaysia (JUPEM).
- Jabatan Laut Malaysia.
- Jabatan Laut Malaysia Wilayah Sabah.
- Jabatan Laut Malaysia Wilayah Sarawak.
- Jabatan Perikanan Malaysia.
- Bahagian Maritim, Kementerian Pengangkutan Malaysia.
- Institut Penyelidikan Hidraulik Kebangssan Malaysia (NAHRIM).
- Institut Sumber Marin Asia Tenggara
- Jabatan Pengairan dan Saliran Malaysia (JPS).
- Fakulti Geoinformasi dan Harta Tanah, Universiti Teknologi Malaysia (UTM).
- Fakulti Senibina, Perancangan dan Ukur, Universiti Teknologi Mara (UiTM).
- Pusat Kajian Samudera dan Pantai (CEMACS), Universiti Sains Malaysia (USM).
- Institut Oseanografi dan Sekitaran (INOS), Universiti Malaysia Terengganu (UMT).
- Malaysia Petrolium Management - PETRONAS.
- Geomatic Department - PETRONAS.
- Malaysia Shipowner's Association (MASA).