Secara umumnya, jawatankuasa ini memikul tanggungjawab yang besar sebagai pemangkin kepada pembangunan bidang hidrografi di Malaysia. Tanggungjawab ini merangkumi skop pembangunan teknologi hidrografi, pembangunan modal insan, keselamatan pelayaran, penerbitan produk nautika dan sebagainya. Peranan dan fungsi JHN adalah seperti berikut:
- Memantau dan mengkoordinasikan aktiviti-aktiviti yang berkaitan dengan bidang hidrografi di Malaysia.
- Menyelaras bagi mengelakkan pertindihan aktiviti hidrografi melalui kolaboratif strategik di kalangan agensi berkaitan hidrografi bagi tujuan perancangan dan pembangunan negara.
- Mengusulkan dasar, polisi dan peraturan bersesuaian mengikuti keperluan bidang tugas untuk kelulusan Jemaah Menteri.
- Mewakilkan PHN bagi kepentingan agensi-agensi kerajaan dalam forum dan mesyuarat berkaitan hidrografi di peringkat antarabangsa.
- Menubuhkan jawatankuasa-jawatankuasa kecil yang perlu bagi tujuan-tujuan yang ditetapkan.